تعداد صفحات ۵۰ صفحه

قیمت ۲۰۰۰۰ تومان

برای دانلود بر روی لینک کلیک کنید

چکیده

به منظور مطالعه تنوع ژنتیکی اردک ماهیان Esox lucius)) حوزه جنوبی دریای خزر، تعداد ۳۰ اردک ماهی از دو ایستگاه مازندران و گیلان جمع آوری گردید. سپس حدود ۵-۳ گرم از بافت نرم باله از انتهای باله سینه‌ای جدا و در الکل اتیلیک خالص (۹۶ درصد) فیکس گردید.DNA  ژنومی نمونه‌ها به روش فنل- کلروفرم استخراج و سپس کمیت و کیفیت DNA استخراج شده با استفاده از روش اسپکتروفتومتری و الکتروفورز ژل آگارز ۱ درصد تعیین شد. واکنش زنجیره ای پلیمراز (PCR) توسط دستگاه ترموسایکلر با استفاده از جفت پرایمرsequencing ، CDL-D و PIDL پلی مورفی را نشان داد. بخشی از منطقه کنترل mtDNA با اندازه ای حدود bp 500 به کمک یک جفت آغازگر و روش چینش یابی نوکلئوتیدی مورد بررسی قرار گرفت. بر اساس نتایج  ۹ هاپلوتایپ در نمونه های گیلان و ۵ هاپلوتایپ در نمونه های مازندران مشاهده شد. میانگین تنوع هاپلوتیپ‌ها در مناطق نمونه برداری ۱ و میانگین تنوع نوکلئوتیدها ۰۱۳/۰ به دست آمدند. شمار آلل ها در ۱۴ جایگاه متغیر مورد مطالعه قرار گرفتند. بر اساس نتایج به دست آمده  بیشترین شمارآالل های مشاهده شده در منطقه گیلان با ۲ آلل و کم ترین آن ها در مازندران با ۱ آلل بودند. میانگین آلل های مشاهده شده ۷/۰±۵/۱ بود. حداکثر و حداقل هتروزیگوسیتی مورد انتظار ۰۰۹/۰±۰۷۱/۰ – ۰۰۴/۰±۰۳۵/۰ محاسبه شد و همچنین بیشترین و کمترین فاصله ژنتیکی ۰۲۷/۰ – ۰۰۴/۰ محاسبه شد. بیشترین اختلاف ژنتیکی (۲۷/۰ Fst=) بین نمونه های ایستگاه مازندران و ایستگاه گیلان به دست آمد. نتایج نشان داد، در ایستگاههای مختلف نمونه ‏برداری اردک ماهی از لحاظ ژنتیکی دارای گروه ژنتیکی متفاوت بود اما این تمایز ژنتیکی دارای اختلاف معنی داری نبود. (۰۵/۰<p)

کلمات کلیدی: اردک ماهی، تنوع ژنتیکی، هتروزیگوسیتی، چینش یابی نوکلئوتیدی mtDNA

فهرست مطالب

عنوان                                                                                                                         صفحه

چکیده ۱

 

فصل اول : کلیات تحقیق

۱-۱مقدمه. ۳

۲-۱ بیان مساله. ۴

۳-۱ اهداف تحقیق.. ۴

۴-۱ فرضیه های تحقیق.. ۵

۵-۱ خصوصیات خانواده اردک ماهیان. ۵

۶-۱ توالی یابی.. ۶

۱-۶-۱ تعداد نمونه. ۶

۲-۶-۱ نشانگر ژنتیکی.. ۷

۳-۶-۱کاربرد نشانگر ژنتیکی ۷

۴-۶-۱ انتخاب به کمک نشانگر. ۸

۵-۶-۱ انواع نشانگرها ۸

۷-۱ تعاریف و اصطلاحات و متغییرهای تعریف ۱۰

 

فصل دوم : ادبیات و پیشینه تحقیق

۲-۱ مروری بر مطالعات انجام شده ۱۲

۲-۱-۱ مطالعات انجام شده در ایران. ۱۲

۲-۱- ۲مطالعات انجام شده در خارج از کشور. ۱۴

 

فصل سوم : روش تحقیق

۳-۱ نمونه برداری.. ۱۸

۲-۳ استخراج DNA.. 18

۳-۳ تکثیر قطعه ژن هدف و انجام واکنش زنجیره ای پلیمراز. ۲۰

۴-۳ بهینه سازی محصول PCR و پروفیل حرارتی آن. ۲۱

۵-۳ انجام واکنش PCR.. 22

۶-۳دستگاه های مورد استفاده ۲۲

۷-۳ مواد مصرفی مورد نیاز. ۲۳

۸-۳ الکتروفوز محصول PCR با استفاده از ژل آگارز ۵/۱ درصد. ۲۴

۹-۳ آنالیز آماری.. ۲۵

 

فصل چهارم : تجزیه و تحلیل داده ها

۱-۴ نتایج بررسی کمیت و کیفیت DNA استخراج شده : ۲۸

۲-۴ بررسی توالی ناحیه D-loop میتوکندریایی.. ۲۸

۳-۴ تنوع ژنتیکی.. ۳۰

۴-۴ فاکتور Fst 31

۵-۴ نتایج تمایز جمعیتها (Fst) 31

۶-۴ فواصل ژنتیکی.. ۳۲

۷-۴ درخت فایلوژنی.. ۳۴

 

 

فصل پنجم : بحث،نتیجه گیری و پیشنهادات

۱-۵ روش استخراج: ۳۸

۲-۵ تنوع ژنتیکی : ۴۰

۳-۵  ساختار جمعیتی : ۴۳

۴-۵ شباهت و فاصله ژنتیکی: ۴۷

۵-۵ نتیجه‌گیری نهایی.. ۴۸

۶-۵ پیشنهادات… ۴۹

منابع و مآخذ. ۵۰

 

 

فهرست اشکال

عنوان                                                                                                       صفحه

۱-۳مراحل مختلف واکنش زنجیره ای پلی مراز (PCR) 24

۱– ۴نمونه‌ای ازDNA استخراج شده به روش فنل- کلروفرم برروی ژل آگارز۱%. ۲۴

۲-۴ توالی هر یک از هاپلوتایپ های مختلف در مناطق نمونه برداری شده ۲۹

۳-۴ درخت فایلوژنی با روش NJ. 35

۴-۴ درخت فایلوژنی با روش MP.. 36

 

 

 

 

 

 

فهرست جداول

عنوان                                                                                                         صفحه

 

۱-۳جدول برنامه های داده شده به دستگاه PCR.. 22

۱-۴ تعداد و فراوانی هاپلوتایپ های بدست آمده ۲۹

۲-۴ تنوع هاپلوتایپی و نوکلئوتیدی.. ۲۹

۳-۴ درصد ترکیب نوکلئوتید های ناحیه D-Loop.. 30

۵-۴ جدول میزان Fst   محاسبه شده برای نواحی نمونه برداری.. ۳۱

۶-۴ فاصله ژنتیکی بین نمونه ها در نواحی مختلف… ۳۲

۱– ۵ جدول روش استخراج DNA در گونه های مختلف… ۳۹